（一）施用有機肥的原則
為了盡可能發揮有機肥的優點，避免其不良影響，應注意：
（1）施用有機肥后，氧氣下垂曲線的臨界點的溶氧量應在所養魚種容許的溶氧底線以上。
（2）最好在第一次氧氣下垂曲線轉化點之后，才第二次使用有機肥。
（二）施用有機肥應注意的問題。
1.有機負荷高的水體，應以養殖耐缺氧、對病毒抵抗力強、食物鏈短的魚種為主。
2.若所養魚種一定，因而臨界點也已經被限定時，要在現有養殖體制下，增加有機負荷而不產生危害，可考慮以下辦法：
（1）人工強力增氧，提高水體自凈能力。例如，使用增氧機械或制劑，實行流水養殖等。
（2）實行預處理，使第一階段分解過程在魚池外完成，例如，有機肥或污水，先經過沉淀、曝氣、氧化塘等處理或漚制發酵、降解后，再放進魚池。
（3)少量多次。要注意的是，盡管有機物可以直接、間接地充當水中動物的餌料，不過作為營養物質來說，只是間接的，它們的有效化要以消耗溶氧為代價。即使水中有機物較多，其礦化再生補給速度有限，水中營養元素有效形式的實際濃度仍然很低，供不應求，較好的解決這個問題，應將有機肥與無機肥配合使用。
